Lớp Học Điệp Viên giới thiệu đến người xem câu chuyện về Lily, một cô gái xinh đẹp với những lọn tóc trắng, đang theo học tại một trong nhiều học viện đào tạo thanh niên trở thành điệp viên có năng lực. Mặc dù có vẻ ngoài xinh đẹp, nhưng Lily không có nhiều kỹ năng thực tế, và hy vọng tốt nghiệp của cô ấy rất ảm đạm. Tuy nhiên, cơ hội mới mở ra khi cô được trao cơ hội gia nhập đội bí ẩn Tomoshibi và tham gia vào Nhiệm vụ bất khả thi. Khi đến Cung điện Kagerou, Lily chết lặng và mục đích thực sự của Tomoshibi cũng như tình thế vô vọng của nó được đưa ra ánh sáng.
Cùng với các nữ điệp viên có vấn đề khác, Lily tham gia vào một chiến dịch do một thanh niên bí ẩn dẫn đầu, và cô nhận ra rằng đây không phải là cuộc vượt ngục lý tưởng mà cô đã hình dung. Lớp Học Điệp Viên sẽ đưa người xem vào một thế giới đầy bí ẩn và nguy hiểm, nơi mà các điệp viên phải đối mặt với những tình huống khó khăn và nguy hiểm. Với sự tham gia của các nhân vật thú vị và phức tạp, phim sẽ giữ chân người xem từ đầu đến cuối, và sẽ là một trải nghiệm thú vị cho những người yêu thích thể loại phim điệp viên. Người xem sẽ được chiêm ngưỡng sự phát triển của Lily từ một cô gái không có nhiều kỹ năng thành một điệp viên có năng lực, và sẽ được khám phá những bí mật và tình huống bất ngờ trong suốt chương trình.
